机构规格为正处级，其机构设置如下：

　　⑴内设机构

　　牡丹江市气象局内设综合办公室（人事教育科、监察科）、业务科技科（政策法规科）、计划财务审计科3个职能科（室）。各内设机构的职责，由市气象局根据职能调整确定。

　　⑵直属事业单位

　　牡丹江市气象局直属科级事业单位4个：
　　牡丹江市气象台（牡丹江市专业气象台、牡丹江市气象环境评价中心）、牡丹江市气象信息技术中心、牡丹江市气象科技服务中心和牡丹江市气象局后勤服务中心。各直属事业单位的职责，由市局根据业务技术体制改革总体方案的要求，结合牡丹江市气象工作的实际确定。

　　 (3)县级气象局(站)

　　牡丹江市设7个县级气象局（站）。其中，牡丹江、绥芬河、宁安、林口为国家一级站，海林、穆棱、东宁为国家二级站。各县级气象局（站）的机构规格为正科级。牡丹江气象观测站由市局直接管理。